el laboratorio de los doctores

El equipo de citología de TDL realiza un examen microscópico de células o cristales en una variedad de fluidos corporales no ginecológicos, que incluyen orina, esputo y LCR. Para evitar la degeneración celular, se recomienda recolectar las muestras de orina en un recipiente para muestras que contenga un conservante (disponible en TDL Supplies). El uso de un conservante asegura que el material celular se conserva hasta 48 horas. Idealmente, se deben enviar 10 ml (excluyendo el conservante) de una muestra de orina recién evacuada (cuando se vacía la vejiga) a media mañana para una evaluación citológica. Si también se requieren análisis microbiológicos o químicos, envíe muestras de orina separadas y marque los viales en consecuencia. NO se recomienda una muestra de orina de punto medio para la evaluación citológica, ya que puede resultar en un bajo rendimiento de células. El esputo debe recolectarse al menos tres veces si se sospecha un carcinoma de pulmón subyacente. Un solo escupitajo es suficiente para la evaluación microbiológica. El esputo debe enviarse al laboratorio inmediatamente después de la producción o almacenarse en un recipiente universal con fijador de células de citolitos si es probable que se produzca un retraso. Tenga en cuenta que esto solo es aceptable si el esputo es solo para citología. La microbiología no se puede realizar en equipos fijos. El esputo temprano en la mañana es ideal, pero debe evitarse la contaminación por alimentos, pasta de dientes y tabaco. Todo el material disponible debe devolverse a un recipiente estéril sin fijador lo antes posible. Si se prevé un retraso, el material debe enviarse en un fijador de citolitos. Idealmente, el LCR debe enviarse fresco o como un portaobjetos de citocentrifugación secado al aire, sin teñir, en una caja de transporte de plástico. Se debe enviar un mínimo de 3 ml, ya sea fresco o centrifugado en múltiples portaobjetos para su revisión y asesoramiento por citopatólogos.

También exploramos los polimorfismos entre las versiones de Jagger y CDC Stanley de los segmentos 2NvS y encontramos un número relativamente bajo de variantes (23 SNP para la región de 33 Mb) (Tabla complementaria S19). 10-20 generaciones) a partir de una introgresión del segmento original común. El tamaño más grande (en 0,9 Mb) del ensamblaje 2NvS de CDC Stanley se explica en parte por el tamaño total más grande de la brecha en CDC Stanley (1,36 en comparación con Alineamos los marcadores de un estudio anterior (Xue et al. 2018) y descubrimos que todos los marcadores específicos de 2NvS se alinearon con la región 2NvS (0-32,6 Mb) del cromosoma 2A de Jagger y los marcadores monomórficos adyacentes después de 2NvS se alinearon con (33 -39 Mb) del cromosoma 2A de Jagger (Tabla complementaria S20) Estos resultados respaldan la delimitación observada del segmento 2NvS en Jagger en este estudio Nuestros resultados también muestran que hay una región de 3-6 Mb (posición 33-39 Mb en chr2A) siguiendo a los portadores Ae.2NvS (Jagger, CDC Stanley, SY Mattis y Mace) y debe ser cromatina de trigo con identidad por descendencia (IBD) de la translocación VPM1 original (Figura complementaria S4).

Para examinar el contenido genético de 2NvS, anotamos el cromosoma 2A de Jagger usando una combinación de predicción ab initio y evidencia de RNA-seq. Se anotaron un total de 7593 genes para el cromosoma Jagger 2A (Tabla complementaria S21). Se anotaron un total de 535 genes de alta confianza en el segmento 2NvS. Para examinar la macrocolinealidad, luego comparamos el segmento 2NvS con la región correspondiente en los cromosomas de trigo hexaploide 2A, 2B y 2D (Fig. 3a, Tabla complementaria S22). Descubrimos que el orden general de los genes estaba muy conservado entre el segmento del genoma N y los tres genomas de trigo. Contenido de genes, filogenia NLR y patrones de transcripción de genes de resistencia. Órdenes de genes conservados para los genes 2N en comparación con los genes 2A, 2B, 2D. El gráfico de líneas de la capa externa indica la densidad de genes (1-5 recuentos) por región de 100 kb; los carriles etiquetados son cromosomas con 2NvS rellenos de color verde; los carriles interiores muestran las posiciones del citocromo P450 anotado por AHRD (azul claro) y los genes NLR basados ​​en la anotación NLR-Annotator (negro) y AHRD (rojo). Enlaces que unen genes ortólogos entre cromosomas 2 N (verde) y trigo común (sin color de relleno). b Relaciones filogenéticas de los genes NLR 2NvS con la primavera china NLR 2AS. C (rojo) denota primavera china y J (azul) denota genes Jagger.

Agrupamiento jerárquico de patrones de expresión de genes de resistencia. Los tipos de tejido son: hoja temprana (EL); hoja (L); hoja tardía (LL); raíz (R); corona (C); cabeza joven (YH); y remate único de cabeza joven (FLORET). Dada la importancia conocida de los genes de resistencia a la enfermedad 2NvS, examinamos de cerca los genes que contienen el dominio de unión de la repetición de nucleótidos ricos en leucina (NLR) de este segmento. 10% del número total de genes (535) anotados para la región (Tabla complementaria S21). 11%) (IWGSC 2018). Sin embargo, los procedimientos de anotación utilizados en este estudio no son los mismos que los utilizados anteriormente para Chinese Spring. Para realizar una comparación más directa, realizamos una anotación ab initio de genes NLR para Jagger y Chinese Spring utilizando NLR-Annotator (Steuernagel et al. 35) (Fig. 3a, Tabla complementaria S23, Figura complementaria S5). También detectamos algunos genes transportadores ABC en esta región (Tabla complementaria S21). Estos podrían ser potencialmente candidatos para la resistencia a enfermedades, como se demostró en el caso de Lr34, donde un transportador ABC proporcionó una resistencia efectiva contra varios patógenos fúngicos (Krattinger et al.

10% de genes del citocromo P450 potencialmente involucrados en el desarrollo de la planta y la resistencia al estrés (Fig. 3a, Tabla complementaria S21). Para probar la hipótesis de que 2NvS podría portar familias únicas de genes NLR que son en parte responsables del conjunto de genes de resistencia a enfermedades que se encuentran en este segmento, también examinamos las relaciones filogenéticas de los genes 2NvS NLR en comparación con los presentes en el segmento homólogo de la primavera china. cromosoma. 2A. Esta comparación utilizó 58 NLR de Jagger y 65 de Chinese Spring para el análisis filogenético. Para ayudar a la representación visual, los identificadores de genes se han anotado de acuerdo con su posición física, es decir, los genes que comienzan con las mismas letras numéricas están físicamente más juntos en el genoma (Tabla complementaria S24). Para comprender mejor qué genes de este gran conjunto de genes de resistencia podrían ser importantes para conferir fenotipos de resistencia a enfermedades conocidos, examinamos los patrones de transcripción de genes de resistencia a enfermedades para la región 2NvS (Fig. 3c). Bajo la hipótesis de que el segmento 2NvS porta genes para una amplia diversidad de patógenos que afectan diferentes partes de la planta, esperaríamos transcripciones de genes específicos de tejido y podrían ser priorizados como candidatos según el estilo de vida específico del patógeno.