Clasificación de la citología de células escamosas cervicales

La Organización Mundial de la Salud, en la lucha contra el cáncer de cuello uterino, promueve programas de detección temprana mediante diversas técnicas de detección como la citología convencional (Pap), la citología en medio líquido (CML), la prueba de ADN del Virus del Papiloma Humano (VPH), la tinción con ácido acético diluido. ácido y solución de yodo de Lugol. La citología convencional es la técnica más utilizada, ampliamente aceptada, económica y con mecanismos de control de calidad. El cáncer de cuello uterino no ha sido un problema de salud pública en los países desarrollados durante más de tres décadas, en parte debido a la implementación de otras pruebas como la LMC que ha aumentado la sensibilidad a cifras que oscilan entre el 76% y el 99%. Esta prueba produce en particular una fina monocapa de células que se examinan. En nuestros países esta técnica está muy lejos de ser aplicada por su alto costo. Como resultado, la citología convencional sigue siendo en la práctica el único examen posible de la patología del cuello uterino. En esta técnica, se toma una muestra de células de la zona de transformación del cuello uterino, utilizando un cepillo o una espátula de madera, se extiende sobre un portaobjetos y se fija con una solución conservante.

Esta muestra luego se envía a un laboratorio para tinción y examen microscópico para determinar si las células son normales o no. Esta tarea requiere tiempo y experiencia para el diagnóstico. Intentando aliviar la carga de trabajo de la cantidad de exámenes en el escenario de rutina clínica, algunos investigadores han propuesto el desarrollo de herramientas computacionales para detectar y clasificar las células de la zona de transformación cervical. En el presente trabajo, primero se caracteriza la zona de transformación usando descriptores de color y textura definidos en el estándar MPEG-7, y los descriptores de tejido se usan como entrada a un banco de clasificadores binarios, logrando un 90% de precisión y un 83% de sensibilidad. % A diferencia de los enfoques tradicionales que extraen características celulares de células previamente segmentadas, la estrategia actual es completamente independiente de la forma particular. Aunque la mayoría de los trabajos de campo reportan índices de precisión más altos, las imágenes utilizadas en estos trabajos para entrenamiento y evaluación son realmente diferentes a las que se obtienen en los laboratorios de citología en Colombia. En general, la mayoría de estos métodos se aplican a técnicas de una sola capa y, por lo tanto, las tasas de reconocimiento son mejores en comparación con lo que encontramos en la presente investigación. Sin embargo, el objetivo principal del presente trabajo fue, por lo tanto, desarrollar una estrategia aplicable a nuestras condiciones reales como método de preselección, en cuyo caso el método debe ser robusto a muchos factores aleatorios que contaminan la captura de imágenes. Una estrategia de segmentación es muy fácilmente engañada por todos estos factores, por lo que nuestro método debe utilizar características independientes de la calidad de la segmentación, mientras se minimiza el tiempo de lectura, así como la variabilidad intraobservador, lo que facilita la aplicación real de tales herramientas de detección.

Para el programa de mejoramiento del CIMMYT, se sembraron YT (2 repeticiones), EYT (3 repeticiones) y ESWYT (3 repeticiones) en la Estación de Investigación Norman E. Borlaug, Ciudad Obregón, Sonora, México, en varios ensayos, cada ensayo comprendía 28 filas y dos cheques en un diseño de celosía alfa. Los ensayos se sembraron a mediados de noviembre en suelos óptimamente irrigados que recibieron 500 mm de agua bajo el sistema de siembra en camas. De manera similar, se han plantado SABWYT (3 réplicas) en varios lugares del sur de Asia, incluidos Ludhiana, Jabalpur y Pusa en India, Faisalabad en Pakistán y Jamalpur en Bangladesh. Para todos los viveros, el peso del grano cosechado calculado por parcela se utilizó como medida del rendimiento del grano (Tabla complementaria S14-S17). Los YT (YT 2013 y YT 2014) también se clasificaron por su capacidad de alojamiento en una escala ordinal de cero a cinco, mientras que los EYT se clasificaron por su resistencia a la roya. Luego realizamos pruebas de asociación de rendimiento de grano, acame y resistencia a enfermedades con el segmento 2NvS en todos los viveros utilizando un modelo de regresión lineal simple con AZUL de rendimiento de grano como variables de respuesta y la presencia o ausencia del segmento 2NvS como predictores de efectos fijos.

Utilizamos ADN genómico total de Ae. 14, NN) como sonda para detectar la presencia del segmento 2NvS en trigo Jagger. Encontramos señales de hibridación en el extremo distal del brazo corto del cromosoma 2A de trigo (Fig. 1 y Figura complementaria S1), de acuerdo con los resultados del análisis de diagrama de puntos comparativo (Fig. 2a) y la posición previamente conocida del VPM1 original. translocación 5) reveló que el segmento de translocación comprendía aproximadamente el 6,5 % del cromosoma 2A de Jagger. Aunque no es un objetivo de este estudio, la pintura cromosómica utilizando el ADN del genoma A y del genoma D como sondas también reveló la presencia de una translocación intergenómica en Jagger en 2DL de un cromosoma A del genoma no identificado (Figura complementaria S2). Diagramas de secuencia GISH-FISH de cromosomas mitóticos de Jagger, marcados con Ae genómico. Recuadros: imágenes ampliadas que muestran la translocación 2NvS-2AS. Delineación física del segmento 2NvS a Alineación comparativa de gráficos de puntos del cromosoma 2A de Jagger y el cromosoma 2A de Chinese Spring (que muestra los primeros 80 Mb). Región Jagger contra Stanley 2NvS.

Las líneas horizontales y verticales azules indican los límites del segmento 2NvS en Jagger y su sección correspondiente en Chinese Spring o Stanley. Secuenciamos los genomas de trigo Jagger y CDC Stanley utilizando una combinación de tecnología de lectura corta de Illumina y lecturas vinculadas de 10X Genomics (Weisenfeld et al. 2017). Utilizando la canalización NRGene DenovoMagic 3.0, las lecturas de Jagger y CDC Stanley se ensamblaron en 141 382 y 105 606 andamios, con un total de 14,54 y 14,46 GB, respectivamente. Para construir 21 pseudomoléculas para Jagger y CDC Stanley, utilizamos mapas genéticos de alta densidad (Chapman et al.. 2015) y datos de captura de conformación cromosómica (Lieberman-Aiden et al. 2009; Mascher et al. 2017) y andamios anclados 3116 y 1592, respectivamente. 97% del total de ensamblajes para ambos genomas. Los genomas de trigo, incluidos los de SY Mattis y Mace, tenían una integridad de ensamblaje similar (Walkowiak et al. La región 2NvS se delineó en función de alineaciones de diagramas de puntos comparativos del cromosoma 2A de Jagger con el cromosoma 2A de primavera chino previamente secuenciado (IWGSC 2018) y CDC Stanley el cromosoma 2A (Fig. 2a) no se incluyeron, ya que podrían sugerir alineaciones cruzadas del genoma (2N-2A) (consulte la Fig. 3a para obtener más detalles).